牙周炎的藥物治療，是牙周機械治療的輔助手段，單純的藥物治療不是治療牙周疾病的主要途徑。牙周藥物治療的基本原則：
1.遵循循證醫學的原則，合理使用藥物；
2.用藥前要清除牙石破壞菌斑生物膜的結構；
3.盡量採用局部給藥途徑，並盡量避免耐藥菌的產生；
4.在選擇抗生素時，盡量做細菌學檢查及藥敏試驗。
藥物治療的途徑有全身用藥和局部用藥。全身抗生素治療的藥物包括硝基咪唑類藥物，羥氨苄青霉素，四環素族藥物，大環內酯類藥物。局部藥物治療的用藥途徑包括含漱、沖洗塗布、緩釋系統、控制系統等，常用的牙周局部用藥有氯己定、過氧化氫液、甲硝唑、四環素族藥物等。
