雙側基底節區腦梗塞應該應用抗血小板的藥物，如阿司匹林。
如果有胃腸道疾病或者有阿司匹林過敏者可以應用氯吡格雷，西洛他唑等代替阿司匹林，需要監測血常規和凝血功能。
另外需要應用降血脂，穩定斑塊的藥物，如阿托伐他汀，瑞舒伐他汀等，需要檢測肝功，肌酶，血脂等。
另外可以適當服用擴張血管，改善腦代謝的藥物，如尼莫地平，尼麥角林，胞二磷膽鹼等。
還有可以適當的應用活血化瘀的中成藥，如消栓通絡，培元通腦等。
如果有高同型半胱氨酸血症，需要適當服用葉酸，維生素b6，維生素b12等。
其它的有控制血壓的藥物，控制血糖的藥物等。
