中藥灌腸的操作流程先把中藥煮出來後，兌成和體溫差不多的溫度38度至40度之間，然後把中藥煎劑裝入灌腸袋里，灌腸管插進肛門裡，藥液灌入腸道內，類似於普通的灌腸，只不過用的介質是中藥，採用保留灌腸，留置時間一般為半小時左右。
中醫灌腸是一種非常安全的綠色的治療方法，有很好的治療效果，由傳統的胃部給藥改為直腸給藥，能夠避免藥物對胃部的刺激，起到很好的局部治療作用和全身治療作用。
很多疾病都可以通過中藥灌腸的方法進行治療，如慢性結腸炎、直腸炎、腸易激綜合徵、慢性盆腔炎、肺炎、支氣管炎、慢性前列腺炎等疾病，均療效很好，這種方法尤其適用於兒童，兒童口服藥物非常困難，直腸灌藥方便易操作。
