牙周炎復發，需要堅持治療，徹底清除牙菌斑，牙石等病原刺激，消除牙齦的炎症使牙周袋變淺，改善牙周附著水平。首先需控制菌斑，其次要徹底清除牙石，平整根面。齦上牙石的清除稱為潔治術，齦下牙齒的清除稱為齦下刮治術，或深部刮治，經過徹底的節制和根面平整後，臨床上可見牙齦的炎症和腫脹消退，出血和溢膿停止，牙周袋變淺。
牙周袋及深部的藥物處理，大多數患者的根面平整後，組織能夠順利愈合，不需要藥物處理，對一些炎症嚴重，肉芽增生的深牙周袋在刮之後可用藥物處理袋壁。近年來，牙周袋內部放置抗菌藥物，取得了較好的臨床效果，尤其是採用緩釋制劑，使用可被生物降解的材料作為載體，使藥物能夠長時間停留於牙周袋內，起到了良好的效果。基礎治療一個月時應復查療效，若仍有4毫米以上的牙周袋，或有些部位的牙石難以徹底清除，探診仍有出血，則需進行牙周手術治療。
