子宮內膜異位症導致的後果主要表現在以下三個方面：
一、疼痛：子宮內膜異位症患者，典型的症狀為繼發性痛經且進行性加重。常於月經來潮時出現，並持續整個經期，少數患者可表現為持續性下腹痛，經期加重。有的患者可表現為性交痛，主要為深部性交痛，月經來潮前性交痛最明顯。
二、不孕：內異症患者不孕率高達40%，引起不孕的原因複雜。如盆腔微環境改變，中重度患者可因輸卵管與周圍組織粘連，而影響正常的蠕動功能，卵巢反復破裂出血影響排卵，導致內分泌紊亂，從而出現經量增多、月經淋灕不盡等症狀。
三、惡變：主要惡變部位在卵巢，其他部位少見。當有以下情況時，需警惕內異症惡變，如：
1.絕經後內異症患者，疼痛節律改變；
2.卵巢囊腫直徑大於10釐米；
3.影像學檢查有惡性徵象；
4.血清ca125水平大於200單位/毫升。
