卵巢囊腫的危害主要取決於它的性質。
如果是生理性的它會自然消失，而且生理性的囊腫通常也比較小，對身體沒有甚麼危害。
如果是病理性的不會自然消失，而且會逐漸長大。病理性的卵巢囊腫包括良性和惡性。如果是惡性的話，對身體健康影響是非常大的。如果是良性的卵巢囊腫，雖然不會消失，但是隨著時間的延長，可能會逐漸增大。囊腫大到一定程度，比如說超過5公分，可能會出現囊腫破裂或扭轉，增加急腹症的風險。有些具有內分泌功能的囊腫，比如說顆粒細胞瘤或者卵泡膜細胞瘤，它可以分泌雌激素或雄激素，會引起女性內分泌紊亂，導致月經失調，甚至出現男性化表現。所以當發現卵巢囊腫以後，首先要明確性質，要定期做B超復查，並且要查腫瘤標誌物，必要的時候查性激素水平。病理性的囊腫還是建議做手術的。
