用於婦科滴蟲性陰道炎及細菌性陰道炎的治療。甲硝唑常用於婦科滴蟲性陰道炎及細菌性陰道炎的治療，另外還用於治療腸道阿米巴病及口腔科牙齦炎等，目前主要用於厭氧菌感染的治療，其常規用藥是每次400毫克口服，每日兩次共7日；另外對於滴蟲性陰道炎，可選擇甲硝唑2克，單次口服或甲硝唑400毫克，每日兩次，連服7日，並且同時積極治療性伴侶。
細菌性陰道炎者首選甲硝唑400毫克口服，每日兩次共7日，另外也可選擇甲硝唑制劑，200毫克每日一次陰道填塞，連用7日；哺乳期以選擇局部陰道用藥為宜，服用甲硝唑者，服藥後12~24小時內避免哺乳，甲硝唑對胃腸道刺激較重，建議飯後半小時內口服並且服藥期間禁止飲酒。
