嬰兒棉簽掏鼻孔的危害有鼻腔出血、鼻子正常防衛功能受損；另外會引起顱內感染、肺部感染。
一、鼻腔內的危害
1.鼻腔出血
由於寶寶鼻腔內有十分豐富的血管，如果使用棉簽給寶寶挖鼻屎就很容易破壞鼻前庭的血管，而潛在的出血區，受到輕微的外傷就會引起鼻出血；
2.鼻子正常防衛功能受損
如果使用棉簽給寶寶挖鼻，是很容易造成局部損傷，破壞鼻腔的正常防衛功能，容易著涼感冒； 因為鼻涕鼻屎可以防止鼻腔黏膜乾燥，而且濕潤的鼻腔環境能夠粘住由空氣中吸入的灰塵、花粉，作為一道屏障，可以避免外界的刺激引致寶寶呼吸道的感染。
二、其它部位的危害
1.顱內感染
由於人體鼻部靜脈與顱內靜脈是相通的，如果使用棉簽挖鼻屎，容易導致細菌通過鼻腔進入導致鼻腔感染，從而通過靜脈進入顱內，引發致命的顱內感染危及生命。
2.肺部感染
由於寶寶的鼻粘膜很脆弱，使用棉簽挖鼻孔，可能會導致鼻黏膜萎縮、分泌物減少，鼻腔的防禦功能下降或者喪失，就容易導致一系列的呼吸系統疾病，如慢性咽炎、鼻竇炎，甚至肺部感染等。
