女性感染支原體後，會使體內器官和組織發生炎症，導致女性血液中的白細胞異常增加，使精子在輸卵管及子宮內大量死亡，從而大大降低女性懷孕的幾率。因此，女性支原體感染是會影響懷孕的，如以下兩種情況，可嚴重影響女性懷孕幾率。
1.支原體感染引發子宮內膜炎和輸卵管炎。若支原體感染引起輸卵管炎後不及時治療，則可能引起輸卵管功能衰退，以及輸卵管粘連等情況，導致輸卵管堵塞，使精子無法與卵子順利結合，從而影響女性成功受孕。而子宮內膜炎產生的炎性物質會對胚胎產生持續性刺激，使胚胎受到損傷；同時炎症還會大量消耗子宮內的營養物質，使胚胎無法獲得足夠的營養，從而導致胎兒停止發育，造成流產或早產。
2.女性宮腔內蓄積大量的支原體。支原體會對女性的身體產生極大的損害，使女性的抵抗力迅速減弱，而引發各種疾病，使女性體質大大減弱，無法承受懷孕帶來的負擔，從而降低女性懷孕的幾率。即便是受孕成功，宮腔內大量的支原體也會對胎兒的發育造成嚴重的阻礙和損害，使胎兒無法正常發育，甚至導致胎兒死亡。
支原體作為一種致病菌，對人體的傷害的非常大的，更何況是毫無抵抗之力的胎兒。因此不建議感染支原體的女性懷孕，即便是女性沒有感染支原體，而是男方感染了支原體，也不建議要孩子，最好是經過治療痊癒後在考慮懷孕，這樣既能提高懷孕的幾率，又能保證女性的安全和胎兒的健康發育。在治療期間，患者要注意養成良好的衛生習慣和飲食習慣，並適量增加營養的攝入，有利於加快病情的康復。
