患有胃腸道間質瘤的患者，在經過詳細的檢查以後，醫生會根據腫瘤所在的位置，腫瘤的大小以及腫瘤是否產生轉移等綜合因素，來選擇最佳的治療辦法。以期能夠最大幅度的將腫瘤根治，提高治癒的概率。所有的治療手段中，除去藥物治療外，手術治療尤為重要。那麼，如何手術治胃間質瘤呢？
第一，在多孔腹腔鏡下，對胃間質瘤進行切除
這個手術主要是在患者全麻的情況下，採取頭比腳底，兩腿打開，仰臥的方式進行。通常會採用四到五孔的辦法，用適當直徑的鏡頭，在鏡頭的監視下進行手術操作。在進行手術切除之前，患者必須全方面檢查，確保是否存在腹膜或者臟器的轉移，如果手術前，發現有轉移的情況，在做手術的時候也能利用聲波和切片，來進行更加準確的判斷。如果腫瘤在胃壁的前方，那麼就可以直接利用楔形切除法，將腫瘤從胃壁上完整的切除下來。對於胃壁後方的腫瘤，如果離大彎比較近，就必須先切斷胃結腸韌帶等，將腫瘤暴露出來後，再進行切除。對於一些腫瘤體積較小，定位比較困難的患者，也可以採取聯合手術，用胃鏡定位以後，在行腔鏡下切除。切除下來的腫瘤可以保留下來，用於術後病理性檢查。在多孔腹腔鏡下對胃間質瘤進行切除，這種手術辦法比較傳統，但是操作的選擇性較多，所以在實際情況下應用的範圍相對廣泛。
第二，在單孔腹腔鏡下，對胃間質瘤進行切除
這種手術患者也是需要全麻，並且仰臥開腿的姿勢進行，一般在患者臍帶上方切口，用來放置套管，從而維持腹部內壓力平衡。而在最低的切口處正中間用來放置鏡頭，左右的通道用來放置超聲刀等，切口的三個通道呈現一個倒三角形。手術過程中，醫生在胃鏡的指引下尋找腫瘤，並且用線固定腫瘤附近的組織，再切割腫瘤附近胃壁的全層釘合。如果腫瘤在胃壁後方比較突出的地方，那麼就可以切開胃壁前端，用切合器把腫瘤切除以後，再對胃壁前端進行閉合。這種手術辦法傷口比較小，所以患者在手術以後，疼痛相對較小，愈合時間也比較短。但是，這種手術辦法必須考慮患者的體型、費用、醫生的經驗與技術，所以在實際情況下運用的次數不多。
現在比較有經驗的醫院，都能根據患者的實際情況考慮進行相應的腹腔鏡手術，但是對於直徑比較大的腫瘤，手術也存在著一定的技術難題，醫生在手術過程中為了防止腫瘤破裂，還必須預先放置標本袋，手術過程中的操作確保輕柔。手術後兩年內是患者復發的高峰期，必要的輔助治療也是患者可以選擇的。
