顱底凹陷症的治療方法有藥物治療、物理治療、康復訓練、支具固定、手術治療等。
1. 藥物治療：對於顱底凹陷症患者，藥物治療主要起到輔助緩解症狀的作用。遵醫囑使用甲鈷胺片，他能營養神經，促進因顱底凹陷可能受損神經的修復與再生；布洛芬膠囊，可有效減輕患者可能出現的疼痛症狀，通過抑制體內炎症介質的產生來達到止痛效果；維生素B12 注射液，能參與神經系統的代謝過程，有助於維持神經的正常功能，改善因神經受壓等導致的不適，幫助患者緩解病情發展帶來的一些不良症狀。
2. 物理治療：物理治療可改善顱底凹陷症患者局部血液循環。常見的熱敷，通過熱傳遞使局部血管擴張，增加血液供應，為受損組織帶來更多營養物質，促進新陳代謝，緩解肌肉緊張。按摩則是通過專業手法，調整頸部肌肉的狀態，減輕肌肉對顱骨的異常牽拉，糾正部分因肌肉失衡導致的顱骨位置異常，同時也能放鬆肌肉，減輕患者的不適感，一定程度上改善病情。
3. 康復訓練：康復訓練對顱底凹陷症患者恢復很關鍵。頸部伸展運動，患者緩慢將頭向後仰，拉伸頸部前方肌肉，增強頸部後方肌肉力量，有助於維持頸椎的正常生理曲度，減輕顱骨對周圍組織的壓迫。頭部旋轉訓練，左右緩慢轉動頭部，可提高頸部關節的靈活性，改善頸部肌肉協調性，減少因顱底凹陷引發的頸部活動受限問題，促進身體功能恢復。
4. 支具固定：支具固定能為顱底凹陷症患者提供外部支撐。定制合適的頸部支具，可限制頸部過度活動，減輕頭部重量對顱底的壓力，穩定顱骨位置，防止病情進一步發展。通過支具的支撐作用，使頸部肌肉得到放鬆，減少肌肉對顱骨的不良作用力，為受損組織的修復創造有利條件，輔助患者病情的穩定與改善。
5. 手術治療：當顱底凹陷症病情嚴重，保守治療效果不佳時需手術。手術通過解除顱骨對神經、血管等重要結構的壓迫，如枕下減壓術，去除枕骨大孔周圍的骨質，擴大空間，讓受壓的神經和血管得到解放，恢復其正常功能。同時，有的手術還能對畸形的顱骨結構進行矯正，重建顱底的正常解剖結構，從根本上解決顱底凹陷帶來的一系列問題，改善患者症狀。
顱底凹陷症患者在日常生活中要注意休息，避免頸部過度勞累和劇烈運動，防止加重病情。睡眠時選擇合適高度和硬度的枕頭，保持頸部正常生理曲度。定期復查，嚴格按照醫生的囑咐進行後續治療和康復訓練，以便及時瞭解病情變化並調整治療方案。
