小兒抽動症與癲癇在症狀表現、發病機制、腦電圖特徵、疾病預後、治療方法上存在不同。
1. 症狀表現：小兒抽動症主要表現為不自主、突發、快速、重復、無節律的運動性抽動或發聲性抽動，如眨眼、聳肩、清嗓子等；癲癇發作形式多樣，常見的有強直陣攣發作全身抽搐、意識喪失等、失神發作短暫意識喪失、動作中斷等。
2. 發病機制：小兒抽動症發病與遺傳、神經生理、心理因素及環境因素等相互作用有關；癲癇主要是由於大腦神經元異常放電導致，可由遺傳、腦損傷、腦部疾病等多種原因引起。
3. 腦電圖特徵：小兒抽動症腦電圖一般無特異性異常；癲癇在發作期或發作間期腦電圖常可出現癇樣放電，對癲癇診斷有重要意義。
4. 疾病預後：小兒抽動症部分患兒隨著年齡增長症狀可自行緩解，部分可能持續到成年影響生活；癲癇部分患者通過規範治療可控制發作甚至治癒，部分患者病情可能反復發作，影響認知、行為等。
5. 治療方法：小兒抽動症多采用心理行為治療，必要時配合藥物治療；癲癇主要以抗癲癇藥物治療為主，部分患者可考慮手術治療。
日常生活中，對於小兒抽動症和癲癇患兒，都要注意保證充足睡眠、避免精神刺激、規律生活作息，家長需密切關注孩子情況，嚴格遵醫囑治療與復查。
