肛瘻手術後恢復時間一般在2 - 3個月。低位單純性肛瘻恢復時間通常較短，多在2周左右；而高位複雜性肛瘻恢復時間相對較長，可能需要2 - 3個月。
肛瘻手術恢復時間受多種因素影響。手術創面大小是關鍵因素之一，創面越大，愈合所需時間就越長。比如低位單純性肛瘻，其瘻管位置淺、範圍小，手術對組織的損傷相對較小，所以恢復起來較快。而高位複雜性肛瘻，瘻管位置深且分支多，手術創面大，涉及的組織修復範圍廣，自然恢復時間就會延長。
患者自身的身體狀況也對恢復有重要作用。如果患者身體素質較好，新陳代謝快，自身的修復能力強，術後身體能更快地啓動修復機制，促進傷口愈合。相反，若患者存在一些基礎疾病，如糖尿病，會影響身體的正常代謝和免疫功能，導致傷口愈合緩慢，恢復時間也就會相應增加。術後的護理情況也不容忽視。保持傷口清潔，避免感染，能為傷口愈合創造良好的環境，有助於縮短恢復時間；若護理不當，引發感染，不僅會延緩恢復，還可能引發其他併發症。
肛瘻手術後要注意保持肛門清潔，勤換內褲，排便後可使用溫水坐浴，促進局部血液循環，利於傷口愈合。飲食上，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢，避免大便乾結或腹瀉對傷口造成刺激。同時，要嚴格按照醫生的囑咐定期換藥和復查，以便及時瞭解傷口的恢復情況，出現問題能及時處理。
