替硝唑和奧硝唑在化學結構、抗菌活性、藥代動力學、不良反應、臨床應用方面存在差異。
1. 化學結構：替硝唑是硝基咪唑類衍生物，在甲硝唑基礎上進行結構改造；奧硝唑也是硝基咪唑類藥物，化學結構與替硝唑有一定相似性，但具體原子排列和基團有所不同。
2. 抗菌活性：兩者對厭氧菌都有抗菌作用。替硝唑抗菌譜較廣，對常見厭氧菌如脆弱擬桿菌、梭狀芽孢桿菌等有良好抗菌活性；奧硝唑抗菌活性更強，尤其對一些對替硝唑耐藥的菌株仍可能有較好效果。
3. 藥代動力學：替硝唑口服吸收良好，血漿蛋白結合率低，在體內分布廣泛，消除半衰期較長；奧硝唑口服後吸收迅速且完全，達峰時間短，體內代謝較快，消除半衰期相對替硝唑短。
4. 不良反應：替硝唑不良反應相對較多，常見胃腸道反應如惡心、嘔吐、食慾不振等，還可能有神經系統症狀；奧硝唑不良反應相對較輕，胃腸道反應發生率較低，對神經系統影響相對較小。
5. 臨床應用：替硝唑常用於治療各種厭氧菌感染，如腹腔感染、盆腔感染等，也用於預防術後厭氧菌感染；奧硝唑除用於厭氧菌感染治療外，在口腔厭氧菌感染治療中應用較多，效果較好。
使用替硝唑或奧硝唑時，要嚴格按醫囑用藥，不能自行增減劑量或停藥。用藥期間避免飲酒，因為可能引發雙硫侖樣反應，出現頭痛、頭暈、惡心等不適。若用藥過程中出現不良反應，應及時告知醫生，以便調整治療方案。
