鈎端螺旋體病併發症有眼後發症、反應性腦膜炎、閉塞性腦動脈炎、肺部併發症、心臟併發症等。
1. 眼後發症：多在退熱後1周左右出現，可表現為葡萄膜炎、虹膜睫狀體炎、脈絡膜炎等，嚴重者可影響視力，是鈎端螺旋體病較為常見的眼部併發症，發病機制與免疫反應有關。
2. 反應性腦膜炎：在鈎端螺旋體病恢復期出現，腦脊液檢查可發現細胞數輕度增多，蛋白質輕度增高，一般症狀相對較輕，經過適當治療多可恢復。
3. 閉塞性腦動脈炎：較為少見，常在病後半個月到5個月出現，表現為偏癱、失語、多次反復短暫性肢體癱瘓等，腦血管造影可發現腦動脈狹窄，與鈎端螺旋體感染引起的腦動脈內膜炎有關。
4. 肺部併發症：如肺出血等，病情嚴重程度不一，輕者可僅有少量咯血，重者可出現大量肺出血，導致呼吸功能衰竭，危及生命。
5. 心臟併發症：可出現心律失常、心肌損害等，心電圖可出現異常表現，嚴重的心臟併發症可影響心臟功能，導致心力衰竭等不良後果。
日常應注意避免接觸被鈎端螺旋體污染的水源和土壤，如在可能有污染的環境中勞作需做好防護。若感染鈎端螺旋體病，治療期間和康復後都要嚴格遵醫囑，按時復查，以便及時發現並處理可能出現的併發症，確保身體完全康復。
