扁平疣的發病症狀多樣，常見的有皮疹、瘙癢，相對少見的有色素沈著、疣體破損、疣體融合等。
1. 皮疹：扁平疣初起時多為針頭至米粒大小的扁平丘疹，表面光滑，質地較硬，顏色多與膚色相近，也可為淡褐色，常呈圓形、橢圓形或多角形，數目較多，可密集分布，也可散在分布。
2. 瘙癢：部分患者會出現不同程度的瘙癢症狀，瘙癢程度因人而異，有的患者瘙癢感較輕，偶爾發作，有的則瘙癢較為劇烈，尤其是在疣體發展期或受到刺激時，瘙癢可能會更加明顯。
3. 色素沈著：隨著病情發展，部分疣體消退後可能會留下色素沈著斑，顏色深淺不一，可呈淡褐色、深褐色或黑色，影響皮膚美觀，一般會隨著時間逐漸變淡，但消退時間因人而異。
4. 疣體破損：搔抓或外力摩擦等可能導致疣體破損，破損後容易引起局部皮膚感染，出現紅腫、疼痛等症狀，還可能導致疣體自身接種傳播，使疣體數量增多。
5. 疣體融合：在某些情況下，相鄰的疣體可能會相互融合，形成較大的疣體斑塊，形態不規則，這種情況相對較少見。
日常生活中要注意避免搔抓疣體，防止自身接種傳播。保持皮膚清潔，避免使用刺激性強的護膚品。飲食上盡量少吃辛辣、油膩等刺激性食物。如果發現疣體增多、增大或出現其他異常變化，應及時就醫，遵醫囑進行規範治療。
