一般來說，天然驅蚊劑對預防基孔肯雅熱有一定作用。
基孔肯雅熱主要通過蚊蟲叮咬傳播，預防關鍵在於避免被攜帶病毒的蚊蟲叮咬。天然驅蚊劑通常含有如檸檬桉葉油、香茅油等成分，這些成分散髮的氣味能夠干擾蚊蟲的嗅覺感知系統，使蚊蟲難以發現目標，從而減少靠近並叮咬人的幾率，進而在一定程度上降低感染基孔肯雅熱病毒的風險。
天然驅蚊劑相較於化學合成驅蚊劑，通常更受一些人群青睞，因其成分相對天然，對皮膚刺激性較小。不過，天然驅蚊劑的驅蚊效果持續時間可能相對較短，且不同產品的實際驅蚊效果可能存在差異。
在日常生活中，除了使用天然驅蚊劑，還應注意保持居住環境清潔，及時清理積水，減少蚊蟲滋生地。外出時可穿著長袖衣物、長褲，盡量避免前往蚊蟲密集的場所。若懷疑感染基孔肯雅熱，應及時就醫並遵醫囑進行檢查和治療 。
