小兒秘通口服液的見效時間因人而異，一般在服用後的1 - 3天可能會有效果顯現。
小兒秘通口服液主要是通過調節腸道功能來發揮作用。它含有多種有助於促進腸道蠕動、增加腸道津液分泌的成分。這些成分進入人體後，能夠溫潤腸道，使乾結的大便變得鬆軟，同時刺激腸道平滑肌收縮，推動糞便在腸道內移動，從而促進排便。
不同孩子的身體狀況和便秘原因各不相同，這會影響藥物的起效時間。如果孩子便秘是由於飲食結構不合理，比如膳食纖維攝入過少，腸道缺乏足夠的動力，在服用小兒秘通口服液後，藥物能較快地改善腸道環境，可能1天左右就會有排便反應。但若是孩子便秘時間較長，腸道功能已經受到一定影響，腸道蠕動緩慢且大便乾結嚴重，藥物發揮作用可能需要更長時間，大概3天左右才會見到明顯效果。
在孩子服用小兒秘通口服液期間，家長要注意調整孩子的飲食結構。多給孩子吃富含膳食纖維的食物，如蔬菜、水果、全穀類等，增加腸道的動力來源。同時，要讓孩子養成定時排便的好習慣，每天在固定時間嘗試排便，即使沒有便意，也可以在馬桶上坐幾分鐘，培養排便反射。還要鼓勵孩子適當運動，促進腸道蠕動。如果服用一段時間後症狀仍未改善，應及時就醫，遵醫囑調整治療方案 。
