跑步小腿骨頭疼可能是運動過度、肌肉拉傷、骨膜炎、應力性骨折、營養不良等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有休息、物理治療、藥物治療、手術治療等。
1.運動過度：跑步時運動量過大，超出小腿骨骼和肌肉的承受能力，可導致小腿骨頭疼。應減少運動量，適當休息，待疼痛緩解後再逐漸增加運動強度。
2.肌肉拉傷：跑步時姿勢不正確或突然增加運動強度，可能導致小腿肌肉拉傷，進而引起骨頭疼。需停止運動，進行冷敷，72小時後可熱敷。遵醫囑用藥，如布洛芬緩釋膠囊、雲南白藥氣霧劑、活血止痛膠囊。
3.骨膜炎：長期跑步可能引發小腿骨膜炎，出現骨頭疼的症狀。治療方法包括休息、熱敷、按摩等。若疼痛嚴重，可遵醫囑使用雙氯芬酸鈉腸溶片、洛索洛芬鈉片、美洛昔康分散片等藥物緩解疼痛。
4.應力性骨折：頻繁跑步或跑步強度過大，可能導致小腿應力性骨折，引起骨頭疼。應及時就醫，根據骨折情況進行治療，可能需要石膏固定或手術治療。
5.營養不良：缺乏鈣、維生素D等營養物質，可能影響骨骼健康，導致跑步時小腿骨頭疼。應注意飲食均衡，多攝入富含鈣和維生素D的食物，如牛奶、豆製品、魚肝油等。必要時，遵醫囑服用碳酸鈣D3片、葡萄糖酸鈣口服液、維生素D滴劑等藥物補充營養。
在日常生活中，應注意合理安排跑步計劃，避免過度運動。運動前要做好熱身準備，運動後要進行放鬆活動。如果小腿骨頭疼的症狀持續不緩解或加重，應及時就醫，以便明確診斷並進行相應的治療。
