肛瘻的治療方法包括藥物治療、坐浴、掛線療法、瘻管切開術、肛瘻切除術等。
1.藥物治療：肛瘻患者常伴有局部感染，遵醫囑用藥可緩解炎症。如阿莫西林膠囊、甲硝唑片、左氧氟沙星片等抗生素，可減輕感染症狀；外用的莫匹羅星軟膏可局部抗感染；布洛芬緩釋膠囊可緩解疼痛。但藥物治療一般只能緩解症狀，難以根治肛瘻。
2.坐浴：通過坐浴可清潔肛門周圍皮膚，減輕炎症和瘙癢。將適量的高錳酸鉀加入溫水中，配成1：5000的溶液，患者坐在盆中，每次15 - 20分鐘，每天2 - 3次。也可使用中藥坐浴，如苦參洗液，具有清熱燥濕的作用。
3.掛線療法：是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘻的方法。該方法操作簡便，出血少，換藥方便，橡皮筋或藥線可逐漸切割瘻管，在切割過程中，基底創面逐漸愈合，可避免一次性切斷肛管直腸環而造成肛門失禁。
4.瘻管切開術：適用於低位肛瘻。通過手術將瘻管全部切開，靠肉芽組織生長使傷口愈合。這種方法可徹底清除瘻管內的感染源，促進傷口愈合。
5.肛瘻切除術：將肛瘻全部切除直至健康組織。該手術適用於較複雜的肛瘻，可徹底去除病變組織，降低復發率。
肛瘻患者在治療的同時，應注意保持肛門局部清潔，避免食用辛辣刺激性食物，養成良好的排便習慣。如發現肛瘻相關症狀，應及時就醫，根據病情選擇合適的治療方法。
