一般來說，藥物能抑制流感病毒複製，但難以完全消除流感病毒。
流感病毒是一種RNA病毒，容易發生變異。藥物治療流感主要是通過抑制病毒的關鍵酶或阻斷病毒的複製過程來發揮作用。比如常用的抗流感病毒藥物神經氨酸酶抑制劑，它能夠抑制流感病毒表面的神經氨酸酶活性，阻止新形成的病毒顆粒從被感染的細胞中釋放出來，從而減少病毒在體內的傳播和擴散，降低病毒載量，緩解症狀並縮短病程。
人體感染流感病毒後，病毒會侵入呼吸道上皮細胞內進行大量繁殖。即使藥物能夠抑制病毒複製，但在感染初期，病毒可能已經在體內廣泛分布並進入細胞內部。而且人體免疫系統在對抗病毒過程中也存在一定的局限性，無法將所有病毒徹底清除。同時，流感病毒的變異特性使得部分病毒可能對藥物產生耐藥性，進一步影響藥物完全消除病毒的效果。
在使用藥物治療流感時，要嚴格按照規定劑量和療程服用。自行增減藥量或提前停藥，都可能影響治療效果，導致病毒清除不徹底，病情反復。同時，治療期間要多休息、多喝水，保持良好的營養狀態，以增強身體的抵抗力，輔助藥物更好地發揮作用，促進身體恢復健康。
